زمان چندانـى نگذشت که آن حضرت در  اعداد فضلاى برجـسته این حـوزه در عرفـان و فلسفه و فقه و اصـول شنـاخته شـد.
پـس از رحلت آیـه اللـه العظمى حایرى ( 10 بهمـن 1315 ه-ش ) حـوزه علمیه قـم را خطر انحلال تهـدید مى کرد. عـلماى مـتـعهـد به چاره جویى برخاستند. مدت هشت سال سرپرستى حـوزه علمیـه قـم را آیات عـظـام :
سید محمد حجت، سید صدر الدیـن صدر و سیـد محـمـد تقـى خـوانسارى -رضوان الـلـه علیهـم ـ بر عهده گرفتند. در ایـن فاصله و بـخصـوص پـس از سقوط رضاخان، شرایط براى تحقق مرجعیت عظمى فراهـم گردید. آیه الله العظمى بروجردى شخصیت علمى برجسته اى بـود کـه مـى تـوانست جانشین مناسبـى براى مـرحوم حایرى و حفـظ کیان حـوزه بـاشـد. ایـن پیشنهاد از سـوى شاگردان آیـه الـلـه حایرى و از جمله امام خـمیـنـى به سرعت تعقیب شـد. شخص امام در دعـوت از آیـه الـلـه بـروجردى براى هجرت به قـم و پذیرش مسئولیت خطیر زعامت حـوزه مجدانه تلاش کرد.
امام خمینـى که با دقـت شـرایط سیاسـى جامعه و وضعیـت حـوزه ها را زیر نظر داشت و اطـلاعات خـویش را از طریق مطالـعه مـستمر کتب تاریخ معاصـر و مجلات و روزنـامـه هاى وقـت و رفـت و آمـد بـه تهـران و درک محضر بزرگانى همچون آیـه الـلـه مـدرس تکـمیل مى کرد دریافـته بـود که تـنها نقـطـه امیـد بـه رهـایـى و نجات از شـرایط ذلت بارى که پـس از شکست مشروطیت و بخصـوص پـس از روى کار آوردن رضا خان پدید آمده است، بیدارى حوزه هاى عـلمیـه و پیش از آن تضـمیـن حیات حوزه ها و ارتبـاط معنـوى مـردم بـا روحـانیت مـى بـاشـد.
امام خمینى در تعقیب هدفهاى ارزشمند خویش در سال 1328 طرح اصلاح اساس ساختار حـوزه علمیه را با هـمـکارى آیـه الـلـه مـرتضـى حایـرى تهیـه کرد و بـه آیـه الـلـه بـروجردى ( ره) پیشـنهاد داد. ایـن طرح از سوى شاگردان امام و طلاب روشـن ضمیر حـوزه مـورد اسـتقبال و حمایت قرار گرفت .
اما رژیـم در محاسباتـش اشـتـبـاه کرده بـود. لایحه انجـمـنـهاى ایالتى و ولایتى کـه به مـوجـب آن شـرط مسـلمان بودن، سوگـند به قرآن کریـم و مرد بـودن انـتخاب کـنـنـدگان و کاندیـداها تغییر مـى یافت در 16 مهـر 1341 ه - ش به تصـویب کـابیـنـه امیـر اسـد الـلـه علـم رسیـد. آزادى انتخابات زنان پـوششـى براى مخفى نگـه داشـتـن هـدفـهاى دیگر بـود.
حذف و تغییر دو شـرط نخـست دقیـقا بـه منظور قانـونـى کـردن حضـور عناصر بهایـى در مصـادر کـشـور انتخاب شـده بـود. چـنانکه قـبـلا نیـز اشاره شد پـشتیـبـانى شـاه از رژیـم صهیـونیـستـى در تـوسعه مناسبات ایران و اسرائیل شرط حمایـتهاى آمـریـکـا از شـاه بـود. نـفـوذ پیـروان مـسـلک استعـمـارى بهـائیت در قـواى سه گانه ایران ایـن شرط را تحقق مـى بخشید. امام خمیـنـى به هـمراه عـلماى بزرگ قـم و تهـران به محض انتشار خبر تصویب لایحه مـزبور پـس از تبادل نـظـر دسـت به اعـتـراضات همه جانبه زدند .
نقـش حضرت امام در روشـن ساختـن اهداف واقعى رژیـم شـاه و گوشـزد کـردن رسالت خطیر علما و حـوزه هاى علمیـه در ایـن شـرایـط بـسیـار مـوثـر وکارساز بـود. تلگرافـهـا و نامـه هـا سرگـشـاده اعـتـراض آمیز علما به شاه و اسـد الـلـه علـم مـوجى از حـمایـت را در اقـشار مخـتلف مردم برانگیخت. لحـن تلگرافـهـاى امام خمیـنـى به شاه و نخست وزیر تند و هشـدار دهنده بود. در یکـى از ایـن تلگرافها آمده بـود :
اینجانب مجددا به شما نصیحت مى کنـم که بـه اطاعت خـداوند مـتعـال و قانـون اساسـى گردن نهید واز عواقب وخیـمـه تخلف از قـرآن و احـکام علماى ملت و زعماى مسلمیـن و تخـلف از قانـون اساس بـترسید وعـمـدا و بـدون مـوجب مـمـلکت را به خطـر نیـنـدازید و الا علماى اسلام درباره شمـا از اظهار عقیـده خـوددارى نخـواهنـد کـرد .
بدیـن ترتیـب ماجراى انجـمنهاى ایـالـتى و ولایـتـى تجربـه اى پیروز و گرانقدر براى ملت ایران بـویژه از آنجهـت بـود کـه طى آن ویـژگیـهـاى شخصیتـى را شناخـتـنـد که از هر جهـت براى رهـبـرى امت اسلام شایسته بـود. باو جـود شکست شـاه در ماجـراى انجـمـنها، فـشـار آمریکـا بـراى انجـام اصلاحـات مـورد نظر ادامـه یافت. شـاه در دیـماه 1341 هجـرى شمسى اصـول ششگانه اصلاحات خویـش را بر شمرد و خـواستار رفـراندوم شد . امام خمینى بار دیگـر مراجع و عـلمـاى قـم را بـه نـشـست و چاره جویى دوباره فراخواند .
با پیشنهاد امام خمینى عیـد باسـتانـى نـوروز سـال 1342 در اعـتراض به اقدامات رژیم تحریـم شد. در اعلامیه حضـرت امام از انـقـلاب سـفیـد شاه بـه انقـلاب سیـاه تعـبیـر و هـمـسـویـى شـاه بـا اهـداف آمریکا و اسرائیل افـشا شده بود . از سـوى دیگـر، شـاه در مـورد آمادگى جامـعـه ایـران بـراى انجام اصلاحات آمـریکا به مـقامات واشـنگـتـن اطـمیـنان داده بـود و نام اصـلاحات را انقـلاب سـفیـد نهاده بـود. مخالـفت عـلما براى وى بسیار گران  مىآمد .
امام خمیـنى در اجـتماع مردم، بى پروا از شخـص شـاه به عنـوان عـامل اصلـى جنایات و هـمـپیـمان بـا اسـرائیـل یاد مـى کـرد و مـردم را بـه قیام فرا مـى خـوانـد. او در سـخـنـرانى خـود در روز دوازده فـروردیـن 1342 شدیـدا از سـکـوت عـلماى قـم و نجف و دیگر بلاد اسلامى در مقابل جنایات تازه رژیـم انـتـقـاد کرد و فـرمـود : امـروز سکـوت هـمـراهى بـا دستگـاه جبـار است حضـرت امـام روز بعد ( 13 فروردیـن 42 ) اعلامیـه معروف خـود را تحت عنـوان شاه دوستى یعنى غارتگرى منـتـشر ساخت .