سید محمد در ماه شعبان 1310 هجری قمری در تبریز متولد شد و در دامان پر مهر مادر رشد کرد و بزرگ شد. پدران سید محمد همه از سادات اصیل و شریف روستای کوه کمره بودهاند کوه کمر در قسمت شمال آذربایجان شرقی در منطقه ارس باران واقع شده است و سادات آن منتسب به سادات حسینی و از شرافت و بزرگواری بسیار زیادی برخوردارند و به گفته آیة الله مرعشی نجفی سادات کوه کمر به خصوص سادات حسینی آن که آیت الله حجت از آنهاست … به صحت نسب و شرافت حسب و رعایت شدت و در هر عصری مورد توجه عامه و خاصه مردم بودهاند.
پدر سید محمد حجت آقا سید علی که خود اهل فضل و دانش و کمالات معروف عصر خویش بود از دوران کودکی تربیت فرزندش را به عهده گرفت. در واقع نخستین مکتب درسی و محفل تربیتی سید محمد حجت محضر پر از صفا و معنویت پدر بود او در زادگاه خویش به جهت ذکاوت و هوش سرشار توانست در اندک زمان علاوه بر ادبیات معمول و مقدمات فقه و اصول با علوم عقلی و ریاضیات نیز آشنا شود. آقا سید محمد علاوه بر این علوم، در علم طب که معروف به طب قدیم بود وارد شد و آن را فراگرفت همچنین وی با علم فیزیک و شیمی نیز در همان دوران جوانی آشنا گردید.
چنانچه از گفتههای خود آقای حجت بر میآید وی برای فراگیری برخی از کتب حوزه نزد استاد حاضر نشده است بلکه با مطالعه خویش توانسته حتی آن را تدریس کند. آقای رازی از زبان وی میگوید: به حقیر فرمودند همه شرح کبیر موسوم ریاض سید علی را در نزد پدر خود در تبریز خواندم و جلدین شرح لمعه را با مطالعه تنها یعنی بدون اینکه نزد استاد خوانده باشم دو دوره در تبریز درس گرفتم و پس از تکمیل سطوح به نجف اشرف عظیمت نمودم.
وی در سال 1330 هجری قمری در 20 سالگی بود که راهی حوزه علمیه نجف گردید و در آن دیار نیز آنچه که در توان داشت برای رسیدن به منزلت عالی علمی و معنوی به کار گرفت اساتیدی که آیت الله حجت در نجف در محفل درس آنها حاضر گشت عبارتند از:
آیت الله سید محمد کاظم یزدی صاحب عروه که در نزد وی تحصیل فقه نمود. آیت الله آقا سید ابو تراب خوانساری از علمای معروف، حدیث و رجال را فرا گرفت و آیت الله سید شریعت اصفهانی نیز همچنان از جمله اساتید وی به شمار میرفت آیت الله حجت همچنان در درس آقا شیخ علی گنابادی و میرزا حسین نائینی و آیت الله سید جلیل فیروز آبادی و آیت الله آقا سید ضیاء الدین عراقی حاضر گشته و سالهای خوشه چین دانش از این بزرگان دانش و معارف بود. مدت اقامت وی در حوزه علمیه نجف 20 سال طول کشیده است.
وی در این مدت هم دورههای تحصیل را در علوم مختلف به پایان رسانده و هم به منزلت بزرگ علمی نائل میشود و در اواخر در حوزه نجف مسجد شیخ انصاری و مقبره میرزای شیرازی شاهد درس باشکوه ایشان بوده است. آیت الله حجت در سال 1349هجری قمری به جهت بیماری و ناراحتیهای جسمی به ایران باز میگردد.
آیت الله حجت در حوزه علمیه نجف سالها خوشه چین دانش و معارف محضر بزرگان گردید و به مقام اجتهاد نائل گشت ایشان از بزرگانی چون آقایان بزرگوار شیخ الشریعه اصفهانی، حاج میرزا حسن نائینی، سید ابو الحسن اصفهانی، سید محمد فیروز آبادی، حاج شیخ عبدالکریم حائری و شیخ ضیاء الدین عراقی اجازه اجتهاد و اجازه نقل روایتی نیز داشتند. وی در زمینههای گوناگون نیز کتابهایی نگاشتهاند و آثاری که از ایشان به جای مانده است فراوان است. هرچند مجموعه آثار ایشان در دسترس نیست و نوشتههای ایشان در موضوعات مختلف عبارتند از:
1- رساله استصحاب در اصول 2- کتاب البیع در فقه 3- جامع الاحادیث و اصول در حدیث و رجال 4- حاشیه بر کفایة الاصول 5- کتاب الصلوة 6- لوامع الآثار الضروریة در بررسی روایات نبویه در فروع و اصول 7- مستدرک المستدرکات در استدراک آنچه که از صاحب مستدرک به آن نپرداخته است. 8- کتاب الوقف و ده ها اثر و یادداشتهای دیگر در زمینههای مختلف.
در سال 1349 قمری آیت الله سید محمد حجت در قماقامت گزید و تدریس در این حوزه را آغاز نمود در آن روزگار حوزه علمیه قمدر سرآغاز شکوفایی خود قرار داشت و در رأس این حوزه علمیه انسان بسیار بزرگ و عالم اندیشمند چون آیت الله شیخ عبد الکریم قرار گرفته و این حوزه در سایه توجه و تلاشهای ایشان میرفت که از غربت عزلت در فراموشی بار دیگر در جهان اسلام مطرح شود و نامش شهره عالم گردد. آیت الله حائری که از سال 1340هجری قمری مشغول سامان دادن این حوزه بود تا زمان ورود آیت الله حجت کوه کمرهای که نه سال از این اقامت سپری میشد توانسته بود کارهای بسیار اساسی را انجام دهد و در واقع بنیان آن حوزه بزرگی که میرفت تا مهد پرورش و تربیت انسانهای بزرگی چون امام خمینی و چندین مراجع بسیار عالی قدر گردد گذاشته شده بود. لیکن این برای آیت الله حائری به معنای پایان یافتن مسئولیت نبود بلکه برای ایشان که هنوز به عظمت حوزه علمیه قممیاندیشید حضور اساتیدی چون آیت الله حجت که تجربه تدریس و تربیت سالهای متمادی حوزه علمیه نجف را داشت بسیار مبارک و مغتنم بود فلذا آیت الله حائری از همان ابتدای اقامت آیت الله حجت در قم با ایشان نسبت بسیار نزدیکی را برقرار میسازد و آیت الله حجت در عین تدریس در حوزه، یکی از ملازمین و مشاورین آیت الله حائری نیز قرار میگیرد.
آیة الله حائری در سال 1355 هجری قمری به دیار ابدی پیوست لیکن میراث گرانقدر او که همان حوزه علمیه بزرگ قم بود با شکوه و عظمت باقی ماند پس از رحلت ایشان آیت الله حجت کوه کمرهای از جمله سه تن از کسانی بود که آیت الله حائری امور اداره حوزه علمیه قم را برای آنها وصیت و سفارش کرده بود. چنانچه در کتاب علمای معاصرین آمده است حاج شیخ عبدالکریم آقا یزدی حائری(پیش از آنکه) بدرود جهان گفته باشد(آیت الله حجت) رإ به نماز خواندن در جای خود در مسجد حضرت تعیین و به وصایت و نیابت او در انجام کلیه امور مذهبی چند ماه پیش از وفات خود تنصیص فرمودند. همچنین پس از رحلت آیت الله حائری مرجعیت آیت الله حجت نیز برطرف گردید وی به لحاظ اینکه در زمان حیات آیت الله حائری مورد توجه ایشان بود مرحوم آیت الله حائری احتیاطات خود را به ایشان ارجاع میدادند. کم کم دارای مقلد شده تا فوت مرحوم حاج شیخ و پس از ایشان جمع کثیری از مقلدین حاج شیخ به ایشان گرویدند. تا اینکه با رحلت آیت الله اصفهانی و آیت الله قمی مؤمنین از سراسر جهان اسلام به ایشان متوجه میشوند. وی پس از آیت الله بروجردی اولین مرجع عالم تشیع بود و میلیونها نفوس شیعه از ایشان تقلید میکردند.
دوره جدید دوره پس از رحلت آیت الله حائری دارای ویژگیهای بخصوص عصر ایشان نبوده است. در روزگاری که آیت الله حائری بنیان حوزه علمیه قم را بنا نهاد و بر کالبد نیم جان آن روح تازه دمید عصر مشکلات و سختترین روزهای علمای اسلام و حوزههای علمیه است چرا که در این دوره حوزه مستقیما در معرض حملات ناجوانمردانه حاکم وقت رضاخان پهلوی قرار گرفته بود و او هر چه میتوانست برای جلوگیری از سامان یافتن حوزه انجام میداد اما در دوره پس از رحلت آیت الله حائری هر چند همچنان فشارها وجود داشت لیکن حوزه علمیه در جهان مختلف دارای استحکام و ثبات بود. و حکومت پهلوی نیز که این بار پسرش محمد رضا در رأس امور بود اندکی محتاطانه با علماء و حوزه بر خورد میکرد. علماء در این دوره توانستهاند علاوه بر استحکام پایههای حوزه علمیه به گسترش آن در قم و سایر شهرهای ایران نیز بپردازند.
آیت الله حجت در این دوره توانسته است چندین کار مهم و اساسی در حوزه علمیه قم انجام دهد. وی پس از قرار گرفتن در رأس حوزه در کنار سامان دادن به وضع معیشتی طلاب که آن روزها طلاب به سختی زندگی خود را میگذراندند در جهت اسکان و فراهم ساختن زمینهای رشد و تحصیل آنان نیز تلاش کرد. مدرسه حجتیه ایشان که به وسعت 13 هزار متر مربع با 126 حجره و با مدرس و مسجد ساخته شد در همین راستا بود. آیت الله حجت در کنار این مدرسه کتابخانهای نیز تأسیس کردند که 1000 جلد کتاب در زمینههای مختلف در آن وجود دارد و امروزه محل مطالعه طلاب و محققین است از دیگر تلاشهای آیت الله حجت جمع آوری کتابهای خطی و نسخههای خطی از نوشتههای علماء بزرگوار بود که امروزه ذخایری بسیار گرانسنگ از گذشته است.
می گویند ایشان در آخرین کسالتی که متوجه ایشان شد و با آن نیز دار فانی را وداع گفت همه خانواده و وکیل خود را احضار کرد و پس از حاضر شدن وصی خود آقای حاج سید احمد زنجانی و بعضی فضلاء و دیگر فرمودند مهر مرا بشکن آقایان گفتند برای چه؟ فرمودند: برای اینکه بعد از من کسی از این مهر سوء استفاده نکند. عرض کردند، حالا چرا؟ فرمودند: از این کسالت خوب نخواهم شد و اصرار کردند و حاضرین تفأل به نیک نگرفتند و انکار کردند تا ایشان قرآن خواسته و استخاره برای این کار کردند همه منتظر بودند که آیه وعده بهبودی ایشان بدهد؛ دیدند تا آقا قرآن را گشود و به اول صفحه آن نگاه کرد و با وجد و نشاط فراوان گفت له دعوة الحق و قرآن را به دست داد دیدند آیة الله حجت همان طور که خود گفته بود از این کسالت دیگر بهبود نمی یابد و او پس از بیست و سه سال اقامت در کنار بارگاه حضرت معصومه در قم و تلاش خستگی ناپذیر در راه ترویج احکام الهی در روز دوشنبه سوم جمادی الاولی 1372 هجری قمری جان به جان آفرین تسلیم میکند و مقبره وی در جلو مسجد مدرسه حجتیه واقع شده است.
آیت الله حجت چه در قم و چه در حوزه علمیه نجف مورد توجه دوستداران علم و فضیلت بود و کسانی که از کیاست و هوش و استعداد برخوردار بودند از درک محضر ایشان غافل نمیشدند. آثار الحجه با تحلیل موقعیت علمی آیت الله حجت در حوزه علمیه قم مینویسد: پس از مرحوم آیت الله حائری (مؤسس) در میان زعماء گذشته حوزه علمیه قم مرحوم آیت الله حجت هم از کسانی است که از حوزه تدریس فضلای برجسته و دانشمندان بزرگ و علمای عالی مقام و مجتهدین عظام بیرون آمده و در شهرستان قم و حوزه علمیه و سایر شهرستانهای دور و نزدیک ایران مشغول به تدریس و تصنیف و تألیف و خدمات دینی میباشند وی 136 تن از شاگردان ایشان را که هر یک از علمای خدمتگذار و اساتید معروف بودهاند. نام میبرد. ما این نوشته مختصر را به اسامی چند تن از آنان زینت میبخشیم. آیات و اساتید بزرگوار 1- حاج سید یونس اردبیلی. 2- آقا مهدی حائری. 3- حاج سید مهدی انگجی. 4- حاج سید مرتضی ایروانی. 5- حاج شیخ مرتضی حائری. 6- آقا سید محسن حجت (فرزند ایشان). 7- آقا شیخ محسن مشکینی. 8- آقا حجت مهدی اراکی. 9- آقا میرزا محمد علی طباطبایی. 10- سید محمد حسین طباطبایی (صاحب المیزان). 11- حاج شیخ قربانعلی اعتمادی تبریزی. 12- میرزا محمد بنایی. 13- آقا سید محمد داماد. 14- حاج شیخ عبد الحسن غروی تبریزی. 15- حاج سید صادق لواسانی. 16- آقا سید حسین بدلا 17- شیخ اسد الله کاشانی. 18- شیخ احمد عراقی. 19- شیخ ابو طالب تجلیل. 20- حاج شیخ محمد باقر عرفانی بیهودی. بسیاری از این بزرگان دار فانی را وداع گفته و به سوی پروردگار شتافتهاند.