شهید محمد جواد باهنر در سال 1312 در شهر کرمان در محله ای به نام "محله شهر" که از محله های بسیار قدیمی و مخروبه شهر کرمان بود، به دنیا آمد. ایشان فرزند دوم خانواده و دارای نه خواهر و برادر بود. پدر ایشان پیشه ور ساده ای بود که زندگی محقرانه ای داشت و به واسطه مغازه کوچکی که در سرگذر محله داشت امرار معاش می کرد. شهید باهنر در سن پنج سالگی به مکتب خانه ای سپرده شد و نزد بانوی متدینه ای قرآن را فرا گرفت از حدود یازده سالگی با راهنمایی حجةالاسلام حقیقی، فرزند بانوی متدینه مکتب خانه، به مدرسه معصومیه کرمان وارد شد و تعلیم دروس حوزوی را آغاز نمود. حجةالاسلام ایرانمنش پسردائی شهید باهنر در این باره می گویند: "حدود سن 5 سالگی بود که با هم در کرمان به مکتب خانه رفتیم، در آنجا خواندن قرآن و در ضمن خواندن فارسی و دیوان حافظ را فرا می گرفتیم. در آن زمان مدرسه خیلی کم بود و تعداد معدودی بودند که به مدرسه می رفتند و کسانی که از نظر مالی در حد متوسط و یا ضعیف بودند به همین مکتب خانه اکتفا می کردند و بعد دنبال کسب و کارمی رفتند؛ چون دیگر مقتضیات زمان اجازه نمی داد. مدرسه معصومیه بعد از سالها که در دوران رضا خان تعطیل شده بود، فعالیت های خود را آغازکرد و چند نفری از طلاب را پذیرا شده بود. شهید باهنر مقدمات را با نصاب البیان و جامع المقدمات شروع نمود و در کنار دروس رسمی حوزوی، تحصیلات جدید را نیز پی گرفت و به صورت متفرقه در امتحانات شرکت می نمود و موفق شد مدرک پنجم علمی قدیم را اخذ کند. در این دوران، تحصیلات دینی ایشان به حدود سطح رسیده بود و در اوائل مهر ماه 1332 جهت ادامه تحصیلات دینی عازم شهر قم گردید. در سال اول ورود به حوزه علمیه قم، در مدرسه فیضیه سکونت یافت و دروس کفایه و مکاسب را نزد اساتیدی چون آیت الله سلطانی، آیت الله مجاهدی و شیخ محمد جواد اصفهانی فرا گرفت و در همین سال بود که دیپلم کامل متوسطه را نیز اخذ کرد. در ادامه و تکمیل دروس دینی از سال 1333 به درس خارج علما حاضر شد و ضمن شرکت در درس خارج فقه آیت الله بروجردی که آن زمان با توجه به مرجعیت ایشان و گستردگی درس از نظر تعداد شاگردان صورت خاصی داشت به درس خارج اصول حضرت امام خمینی (ره) نیز حاضر می شد و مدت هفت سال یعنی تا اوائل سال 41 از دروس خارج فقه و اصول امام بهره مند گردید. شهید باهنر هم چنین به مدت شش سال در درس فلسفه (اسفار) علامه طباطبائی شرکت نمود و در کنار آن نیز از درس تفسیر علامه که بعدها به صورت کتاب "المیزان" منتشر شد بهره های فراوانی کسب نمود. شهید باهنر در توصیف دوران تحصیل خود در حوزه عملیه چنین می گوید: "ما بهترین خاطرات علمی و تحصیلی مان را در این دوراننه ساله تحصیلات قم داریم" در سال سوم ورود به حوزه علمیه قم و پس از گرفتن مدرک دیپلم، دکتر باهنر در امتحانات دانشگاه شرکت کرده و وارد دانشکده الهیات شد و به ادامه تحصیلات دانشگاهی در کنار دروس حوزوی پرداخت و با توجه به این که دروس دانشگاهی از نظر علمی و کیفی مطالب جدید و تازه ای برای ایشان نداشت، به ندرت در کلاسها حضور پیدا می کرد و لذا حدود سال 37 دوره لیسانس را به پایان رساند. در ادامه تکمیل تحصیلات دانشگاهی و پس از اخذ لیسانس، دوره فوق لیسانس رشته امور تربیتی و دکترای الهیات را گذراند. شهید باهنر در حدود سالهای 36-35 به شهر مقدس نجف مشرف شد و تصمیم داشت در آنجا به ادامه تحصیلات دینی خود بپردازد، لذا در مدرسه آیت الله بروجردی سکونت یافت و در درس آیت الله حکیم شرکت می نمود، اما به دلایلی از جمله حضور عالمان برجسته در حوزه علمیه قم، مجدداً به حوزه علمیه قم بازگشت. مدت توقف ایشان در نجف به یک سال نیز نرسید.
در سال سوم اقامت ایشان در قم و مدرسه فیضیه، به مدرسه حجتیه نقل مکان کرد و در حجره ای با بزرگانی چون حجةالسلام هاشمی رفسنجانی، آیت الله موحدی کرمانی، حجت الاسلام مهدوی کرمانی و ... هم اطاق شد و این آشنایی زمینه همکارهای فرهنگی، مطبوعاتی و انقلابی آینده را فراهم نمود. در سال 1336 با همکاری و کمک آقایان هاشمی رفسنجانی و مهدوی کرمانی نشریه مکتب تشیع را منتشر نمود. نوع مقالات و مطالب مطروحه در نشریه باعث تحول فکری و فرهنگی عمیقی در حوزه علمیه قم شده بود و به علت استقبال طلاب و علما انتشار آن به صورت فصلنامه در آمد و به دلیل اقبال بیش از انتظار و حساسیت و توجه رژیم به این مسئله در نتیجه پس از انتشار هفت شماره، توقیف شد. جناب آقای هاشمی رفسنجانی در این رابطه می گوید: "ایشان در اداره مجله مکتب تشیع نقش درجه اول داشت. در سال 36 یا 37 من و ایشان و عده دیگری از دوستان که حدوداً چهار پنج نفر می شدیم تصمیم گرفتیم یک مجله منتشر کنیم... عمده مسئولیتهای فرهنگی مانند چاپ و رسیدگی به مقالات، به دوش آقای باهنر افتاد. البته ما هم همکاری می کردیم اما چون ایشان قلمش از ما بهتر بود و یک مقدار سابقه کار مطبوعاتی داشت، آمادگی بیشتری در ایشان وجود داشت.... لذا مجموعاً کاربسیار خوبی در آمد و در آن روزها که تیراژ ده هزار و پانزده هزار خیلی بود اولین چاپ ما با تیراژده هزار بود که بلافاصله تمام شد و پیش فروش کرده بودیم."
شهید باهنر که در سال 37 جهت انجام سفر تبلیغی به آبادان عزیمت کرده بود به مناسبت تقارن به رسمیت شناختن دولت اسرائیل توسط دولت ایران به صورت دو فاکتو (de fact ) حمله شدید و سختی به این مسئله نمود و پس از پایان سخنرانی توسط شهربانی دستگیر شد و این اولین بر خورد شهید با رژیم پهلوی بود.
دومین دستگیری ایشان مصادف بود با جریانات خرداد ماه سال 42؛ قرار بود در محرم سال 42 مبلغینی از حوزه علمیه به سراسر کشور اعزام شوند و مطالب یکنواخت و هماهنگی را در جهت محکومیت رژیم طاغوت و دین ستیزی رژیم در منابر بیان کنند. دستگاه امنیتی رژیم شاه از این جریان مطلع شد و اقداماتی را جهت کنترل و فشار بر سخنرانان پیش بینی نمود. شهید باهنر در آن سال به همدان اعزام شد و در روز هفتم محرم سال 42 به دنبال یک سخنرانی پرشور دستگیر شد اما به دلیل هجوم و فشار مردم و اجتماعی که مردم همدان برگزار کردند، دستگاه مجبور شد شهید باهنر را آزاد کند آزادی ایشان همراه بود با اخراج از شهر همدان؛ اما ایشان تا 12 محرم به سخنرانیهای خود ادامه داد و نهایتاً مخفیانه از شهر خارج شد. شهید باهنر خود در این باره می گوید: "خاطرم هست دستور این بود که از روز ششم ماه محرم سخنرانی ها اوج بیشتری پیدا کند و مبارزه شدت گیرد و علتش هم این بود که گفتند نگذارید جلسات پر جمعیت باشد و الا اگر بخواهید از اوائل شروع کنید قبل از اینکه اجتماعی از مردم باشد، شما را دستگیر می کنند و از همان روز ششم که اوج گرفت ظاهراً روز هفتم بود که ما دستگیر شدیم".
سومین دستگیری همزمان بود با سخنرانی های تند و انقلابی ایشان در مسجد جامع بازار تهران به مناسب سالگرد حمله رژیم به مدرسه فیضیه. پس از پایان سخنرانی ایشان در شب سوم، سرهنگ طاهری و دیگر ماموران شهربانی وی را دستگیر و به زندان قزل قلعه اعزام کردند و پس از محاکمه در دادگاه نظامی به چهار ماه زندان محکوم شد.
شهربانی کل در تاریخ 21/12/42 موضوع دستگیری ایشان را چنین به ساواک گزارش کرد: "شیخ محمد جواد باهنر در شبهای 18و19 اسفند در شبستان مسجد جامع بالای منبر مطالب تحریک آمیز ایراد و قضیه مدرسه فیضیه در سال گذشته را به میان کشیده و اظهارات ناروایی نموده بود لذا ساعت 21 روز 19 اسفند در موقع خروج از مسجد به وسیله مامورین ویژه دستگیر و با پرونده مقدماتی جهت تعقیب قانونی به ساواک اعزام و تحویل گردید."
یکی از مهمترین فعالیت های شهید باهنر در ابتدای حضورشان در تهران، آشنایی با هئیت موتلفه بود. شهید باهنر به وسیله شهید بهشتی به تشکیلات هئیت موتلفه وارد شد و در حوزه ها و کانون های آن به آموزش عقیدتی نیروهایی موتلفه پرداخت. شهید باهنر در تعمیق مفاهیم و آموزش های دینی اعضای هیئت موتلفه از مباحث و مطالبی که شهید مطهری تهیه کرده بودند و نیز بحثهایی که خودشان آماده می کردند، بهره برداری و استفاده می کرد. پس از ترور حسنعلی منصور توسط هیئت موتلفه و دستگیری سران آن و متلاشی شدن سازمان، به منظور ایجاد وحدت و انسجام و جلوگیری از فروپاشی و انزوا و پراکندگی نیروهای مبارز و متعهد، شهید باهنر با همفکری دیگر بزرگان چون شهید بهشتی، شهید مطهری، هاشمی رفسنجانی و ... تصمیم گرفتند یک تشکیلات نیمه علنی به وجود آورند.
پوششی که برای این تشکیلات تدارک دیده شد در واقع یک پوشش اجتماعی و خدماتی بود. نام این تشکیلات موسسه تعاونی و رفاه بود که از جمله اهدافش کارهای امداد، تشکیل صندوق های قرض الحسنه و تاسیس مدارس بود. در پوشش فعالیت های علنی موسسه رفاه، ارتباطات مخفی نیروهای مبارز و فعالیت های غیر علنی صورت می گرفت و توسط این موسسه کانونهای موتلفه هدایت می شد. شهید رجائی یکی از کسانی بود که رهبری بعضی از کانون ها را برعهده داشت و با نام مستعار"امیدوار" در جلسات آنان شرکت و برنامه های آموزشی و تعلیماتی خود را اجرا می کرد. آقای هاشمی رفسنجانی در توضیح تشکیل موسسه رفاه چنین می گوید: "معمولاً در نهادهایی که در زمان رژیم گذشته توسط مسلمانان انقلابی تشکیل می شد یک عده معینی بودند که به صورتهای مختلف به عنوان مشاور، کمک یا عضو، در این کارها نقش داشتند. در موسسه رفاه چون یک موسسه فرهنگی، رفاهی و خدماتی و هم چنین انقلابی بارزی بود، ایشان از اول عضو بودند و عضو هیئت امنا و هیئت مدیره هم بودند و بیشتر کارهای فرهنگی را به ایشان و آقای رجایی سپرده بودیم. در کارهای جنبی مانند سخنرانیها واردوها و جلسات و کارهای دیگری هم که داشتیم، ایشان جزو افراد اساسی بودند و در حقیقت باید از ایشان به عنوان یک عضو نیرومند مهم رفاه و به عنوان یکی از موسسین نام برد". هر چند شهید باهنر عملاً از موسسین رفاه بود اما بطور رسمی ساواک با در خواست عضویت ایشان در هیئت موسسین مخالفت نموده بود.
شهید باهنر پس از ورود به تهران و آغاز فعالیت های فرهنگی و سیاسی خود، از سال 44 اقداماتی را جهت ارشاد و تبلیغ مبانی دینی برای اقشار مختلف مردم، انجام داد. در سال 45 و 44 در مسجد جلیلی، سخنرانیها مهمی ایراد کرد. این مسجد که توسط آیت الله مهدوی کنی اداره می شد و امامت جماعت آن نیز بر عهده ایشان قرار داشت یکی از مراکز تجمع نیروهای مذهبی متعهد و مبارز بود و به دلیل حساسیت و توجه رژیم به آن معمولاً از طرف ساواک چند منبع برای آن گمارده شده بود تا گزارش کاملی از فعالیت های آن دریافت دارد. هم چنین دکتر باهنر در سالهای 45 و46 در هئیت مکتب الحسین حضور می یافت و در مورد مسائل اسلامی و مشکلات جامعه و وظایف مسلمانان و چگونگی هدایت و رشد مردم بیاناتی می فرمود با عنایت به اینکه در مکتب الحسین عناصری از موتلفه اسلامی و حزب ملل شرکت می کردند و پایگاه نیروهای مبارز مذهبی محسوب می شد، ساواک چند منبع را مامور این هیات ها کرده بود و گزارشات آن را پیگیری می کرد. منبع ساواک از جلسه 16/3/46 مکتب حسین (ع) چنین گزارش می دهد: "... سپس شیخ باهنر واعظ اظهار داشت ما باید از امام حسین (ع) سرمشق بگیریم و با یزید و ظالمین بیعت نکنیم و تسلیم حکومت بی دین و ظالم نشویم. رهبر عالیقدر اگر بیعت می کرد خیلی راحت تر بود ولی در عوض دین از دستمان می رفت. نامبرده افزود رهبر عالی مقام شیعیان جهان و آیت الله حکیم به اتفاق در مورد جنگ با اسرائیل فتوی داده اند و این موضوع مورد استقبال کشورهای اسلامی قرار گرفته است."
هم چنین ایشان در تاریخ 30/3/46 می گوید: "... هیچ کس جز امام وقت نمی تواند و حق ندارد معارف و قوانین اسلام را تغییر دهد و در آن دخل و تصرف کند؛ امام و یا جانشین او باید در کشور اسلامی زمامدار مسلمین باشد که حق مظلوم را از ظالم بگیرد. اگر زمامداران پاک و منزه باشند رباخواری در مملکت رایج نمی شود. سینما و مرکز فساد دایر نمی گردد. این همه جنایت به وقوع نمی پیوندد بنابر این باید بالاها وضع خود را اصلاح کنند و سپس از طبقات پایین متوقع باشند. ما نباید بنشینیم و بگوییم کارها درست می شود. آخر تا کی صبر کنیم باید چاره ای اندیشید و فکر کرد."
شهید باهنر در ادامه روشنگری های خود و توجه مردم به اوضاع سیاسی و اجتماعی کشور، در تاریخ 14/4/46 چنین می گوید: " آقایان حالا بعد از 1400 سال در مملکت ما وضع سابق تکرار شده است. اگر یک نفر مسلمان یا یک روحانی بگوید شراب نخورید و زنا نکنید و اموال عمومی را چپاول ننمایید و به بانکهای خارج نسپارید به رگ غیرتشان بر می خورد. فوری حبس و شکنجه و تبعید را به میان می کشند. بنابر این بر هر فرد مسلمان واجب است که امر به معروف و نهی از منکر نماید و از طریق تشکیل جلسات خصوصی و عمومی و پخش اعلامیه و تبلیغات دیگر مبارزه نماید و این همه فساد جبران ناپذیر را که دامن اسلام را گرفته را بین برد." و نیز در تاریخ 11/5/46 می گوید: "... مردم مسلمان باید توجه داشته باشید که اسلام می گوید علم و دانش و تقوی باید با یکدیگر توام باشد؛ یعنی یک فرد مسلمان باید با فضیلت و دانش باشد تا بتواند گرفتاریهای روزمره مسلمانان را برطرف نماید تا محتاج مستشار و دخالت خارجیان نگردند. متاسفانه در دستگاه فعلی ما به غیر از رشوه خواری و رقاصی و عیاشی کار دیگری مشاهده نمی شود." به دنبال بیانات بیدارگر و روشنگر شهید باهنر، ساواک مرکز به ساواک تهران چنین دستور می دهد: "نامبرده بالا اخیراً ضمن شرکت در جلسات متشکله مکتب حسین مبادرت به ایراد مطالب خلاف مصالح می نماید که ادامه این روش در حال حاضر به مصلحت نمی باشد. علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید ضمن دادن آموزش به منابع مربوطه، اعمال و رفتار و تماسهای وی را تحت نظر قرار داده و ترتیبی اتخاذ گردد که به موازات آن مدارک محکمه پسند و قاطعی در مورد مشارالیه جمع آوری و مراتب را به موقع به این اداره کل منعکس نمایند."
همزمان با سخنرانی شهید باهنر در مکتب الحسین، شخصیت های مبارز دیگری نیز برای سخنرانی دعوت می شدند از جمله آقایان هاشمی رفسنجانی، شهید هاشمی نژاد، علی اصغر مروارید و ... در سالهای 49- 48 عمده سخنرانیها و مواعظ شهید باهنر در مسجد هدایت صورت می گرفت. آیت الله طالقانی امام جماعت این مسجد بودند و بدین واسطه افرادی از نهضت آزادی، روشنفکران مذهبی و دانشجویان مسلمان دانشگاه ها در آن حضور می یافتند.
در زمانی که آیت الله طالقانی در مسجد حضور داشتند و در حصر و یا تبعید نبودند این مسجد رونق زیادی می یافت و اقشار گوناگونی در آن شرکت می کردند. حضور مهندس بازرگان، دکتر سحابی و آیت الله طالقانی در این مسجد، توجه هر چه بیشتر ساواک را به این کانون موجب گردید؛ و در هر جلسه و مراسمی که در این مسجد برگزار می شد حداقل سه منبع گزارش آن را به ساواک منتقل می کردند. سخنرانیهای دکتر باهنر در این مسجد مورد استقبال فراوان مستمعین قرار می گرفت، بطوری که به در خواست آیت الله طالقانی برنامه های سخنرانی متعددی برای ایشان گذاشته می شد. شهید دکتر باهنر در این زمینه می گوید: "مسجد هدایت، مسجد مرحوم طالقانی، پاتوق ما بود، که تا سه سال ماه رمضان را آنجا صحبت می کردیم؛ شبهای جمعه زیادی آنجا صحبت کردم. " شهید باهنر طبق روال گذشته و همیشگی با سخنان و بیانات متین و دقیق خود که متناسب با نیازها، ضرورت ها و خواسته های مخاطبین و شرایط اجتماعی و سیاسی روز بود توانست اقشار مختلفی را جذب مسجد و منبر نماید و مورد توجه نیروهای مذهبی قرار گیرد. شهید باهنر در فرازی از سخنان خود در مسجد هدایت به تاریخ 2/10/67 که توسط منبع ساواک گزارش شده چنین می گوید: "... بیایید قدری در زندگی اجتماعی تحرک پیدا کنید و جامعه را از این نکبت و رکورد برهانید و آنگاه از بی عفتی بانواند در جامعه اسلامی انتقاد کرد و بیان داشت کسانی که ندای آزادی زن را در دنیا بلند کردند بزرگترین ضربه را به پیکر جامعه وارد آورند. این همه سقط جنین و روابط نامشروع معلول این افکار پوچ می باشد." و در تاریخ 8/8/48 می گوید: "... هر قوم و ملتی که در قید استعمار هستند اگر همبستگی نداشته باشند نمی توانند از قید اسارت آزاد شوند؛ هر حکومتی در خور لیاقت افراد آن جامعه تشکیل می شود، تا دسته و جمعیتی روش خود را تغییر ندهد وضع آنها عوض نخواهد شد. " به دنبال این اظهارات، اداره کل سوم ساواک در تاریخ 28/8/49به ساواک تهران چنین دستور می دهد: "با توجه به اینکه اظهارات نامبرده تحریک آمیز می باشد خواهشمند است دستور فرمایید مشارالیه را احضار و تذکرات لازم داده و نتیجه را به این اداره کل اعلام دارند."علیرغم تذکرات و تهدیدات ساواک، شهید باهنر به رسالت فرهنگی و دینی خود ادامه داده و آموزش های دینی و اجتماعی خود را تداوم می بخشد. در این راستا در آستانه برگزاری جشنهای 2500 ساله در محافل و مجالس مختلف و بخصوص در مسجد هدایت به افشاء چهره مزورانه طاغوت پرداخته و در سخنرانی مورخه 30/5/50 در مسجد هدایت چنین می گوید: "... ملت آن ملتی است که به قدرت صنعت و تکنیک و پیشرفت فرهنگی و اجتماعی و اقتصادی فعلی خود ببالد نه اینکه به ستایش مردگان بپردازد و افتخارات باستانی و گذشتگان خود را تمجید و تحسین کند." در پی تشدید اقدامات رژیم جهت مقابله با مخالفین و گروههای مبارز و وحشت از بحرانی شدن اوضاع اجتماعی در جریان برگزاری جشنهای 2500 ساله و نیز صراحت در گفتار شهید باهنر از سوی ساواک در تاریخ 16/6/50 به شهربانی کل کشور ممنوع المنبر شدن ایشان چنین ابلاغ می شود: "نامبرده بالا که از وعاظ افراطی و ناراحت مقیم تهران می باشد اخیراً مبادرت به ایراد مطالب تحریک آمیز و خلاف مصالح در مسجد هدایت تهران نموده است .علیهذا خواهشمند است دستور فرمایید نام وی جزو وعاظ ممنوع المنبر منظور و از نتیجه معموله این سازمان را آگاه سازند"..
مسجد الجواد و حسینیه ارشاد از جمله مراکز دیگری بودند که شهید دکتر باهنر در آنجا به سخنرانی می پرداخت در سالهای 49 و تا اواسط 50 این دو محل نیز مرکز اجتماع نیروهای مذهبی متعهد و روشن جامعه بود که حضور سخنرانان برجسته، نواندیش و انقلابی موجبات رونق و جذب تعداد بیشتری از مردم به خصوص جوانان می گردید. شهید باهنر در کنار این مساجد و مراکز در برخی محافل مذهبی از جمله هیاتها و جلساتی که در برخی منازل تشکیل می گردید نیز حضور می یافت و به ارشاد و هدایت اقشار مختلف جامعه اسلامی می پرداخت.
فی الجمله اینکه شهید باهنر و دیگر روحانیون مبارز از زمینه ها و شرایط به دست آمده توسط مساجد، روضه ها، هیئت ها و حسینیه ها ضمن ابلاغ اندیشه های امام، و برنامه های نهضت امام خمینی، به افشاگری و روشنگری مردم مسلمان می پرداختند واین فرصتی بود تا ملت مسلمان ایران آمادگی اعتقادی و عملی مبارزاتی ضد رژیم را به دست آورد.
به دنبال اظهارات و سخنان شهید باهنر در خصوص جشن های 2500 ساله شاهنشاهی و بیاناتی که به تعبیر رژیم تحریک آمیز بود، وی توسط ساواک احضار و سپس ممنوع المنبر گردید. ممنوع المنبر بودن ایشان تا آستانه پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت. با این وجود ایشان به مناسبت های مختلف در محافل و هیاتها مبادرت به سخنرانی می نمود. دکتر شیبانی در رابطه با حوادث انقلاب چنین نقل می کند: "خاطراتی که از شهید باهنر دارم سخنرانی ایشان در شیراز بود که ساواک به شدت جلوگیری می کرد و قرار بود که این سخنرانی حتماً برگزار شود. ایشان عبا و عمامه را کنار گذاشت و باکت و شلوار سخنرانی کرد و تا ساواک آمد جریان را بفهمد از جلسه فرار کرد".
شهید باهنر در دوران ممنوع المنبر بودن، ضمن اشتغال به امر اصلاح کتب درسی، فعالیت های فرهنگی و آموزشی دیگری را با کمک و مساعدت همفکران خود انجام می داد؛از جمله تاسیس دفتر نشر فرهنگ اسلامی. این دفتر موفق شده بود که سالانه میلیون ها نسخه کتب مفید را منتشر کند و در چند ساله آخر پیش از انقلاب و به دنبال تعطیل شدن شرکت انتشار، در واقع محلی بود برای مراجعه کسانی که به دنبال کتب مفید اسلامی بودند. در این دوران هم چنین ایشان با کمک آیت الله موسوی اردبیلی کانون توحید را تاسیس کردند. این مرکز تبدیل به کانون علمی تبلیغی مهمی در تهران شد. لازم به یادآوری است که مهندس موسوی طرح ساختمان آن را تهیه نمود و با کمک و پشتیبانی شهید باهنر موفق به تکمیل و راه اندازی آن مجتمع عظیم شد.
هم چنین شهید باهنر در تاسیس مدرسه راهنمایی مفید و نیز در ایجاد مکتب امیرالمومنین، (جنب مسجد امیرالمومنین درخیابان نصرت) که توسط آیت الله موسوی اردبیلی آغاز شده بود شرکت داشت.
بطور خلاصه اهم فعالیت های فرهنگی ایشان در این دوران عبارت است از:
1- تاسیس دفتر نشر فرهنگ اسلامی
2- تاسیس و راه اندازی مدرسه راهنمایی مفید
3- تاسیس مکتب امیرالمومنین (ع)
4- تاسیس و بنای کانون توحید
5- راه اندازی و تاسیس مدرسه رفاه
در سال 1352 و به دنبال فعالیت های گسترده شهید باهنر و حساسیت و کنترل شدید ساواک بر اعمال و رفت و آمدهای ایشان، و به منظور تضعیف روحیه و تزلزل در اراده محکم ایشان در مبارزه علیه رژیم، دستگاه امنیتی شاه به طور مرتب و مکرر، نزدیکان به خصوص همشیره ایشان را دستگیر و مورد بازجویی قرار می داد و در بیابانهای اطراف تهران رها می کرد. به دنبال این قضایا و در پی گزارش یکی از اهالی محل مبنی بر تکثیر و توزیع اعلامیه در منزل شهید باهنر، بلافاصله ساواک به منزل ایشان یورش برده و ضمن بازرسی و توقیف برخی کتب، ایشان را دستگیر و پس از چند روز با اخذ تعهد آزاد کرد شهید باهنر خود در این باره می گوید: "یک جریان خانوادگی برای من پیش آمد. خواهری داشتم که نزد ما زندگی می کرد و آمدند و او را دستگیر کردند و دستگیری های بسیار عجیبی بود.مرتب دستگیر می کردند و چند روز نگه می داشتند و گاهی در بیابان ها رها می کردند و گاهی در گوشه دیگری از شهر و عمدتا اصرارشان این بود که روابط ما را بتوانند از او بپرسند که ما با چه گروه هایی ارتباط داریم و چه جلساتی در منزل داریم و چه مسائلی را تعقیب می کنیم".
یکی از کمیته های شورای انقلاب، کمیته اعتصابات بود. وظیفه این کمیته دامن زدن به اعتصابات بود و در مواردی که در خصوص نیازهای ضروری مردم مشکلی به وجود می آمد این کمیته، چگونگی اعتصابات را تنظیم می کرد. به خصوص در جریان اعتصاب کارگران نفت مشکلاتی برای سوخت مردم به وجود آمد و بنا به دستور حضرت امام، شهید باهنر به عضویت این کمیته درآمد و با سفر به نقاط مختلف کشور به رتق و فتق امور مربوط به اعتصابات پرداخت.
اندیشه تشکلی به نام "شورای انقلاب" با توجه به شرایط خاص آن زمان در میان روحانیون معتمد امام وجود داشت. بحث جدی در این زمینه در سفری که استاد شهید مرتضی مطهری به پاریس داشت با امام خمینی (ره) مطرح شد. بنا بر نوشته آقای هاشمی رفسنجانی: "... آقای مطهری در مراجعت از سفر پاریس دستور رهبر عظیم الشان انقلاب را مبنی بر تشکیل شورای انقلاب آوردند، حضرت امام آقایان شهید مطهری، شهید بهشتی، موسوی اردبیلی، شهید باهنر و هاشمی رفسنجانی را به عنوان هسته اولیه شورای انقلاب تعیین کرده و اجازه داده بودند که افراد دیگر با نظر این پنج نفر اضافه شوند. در جلسات ابتدایی تصمیم بر این شد که حتی الامکان ترکیب شورا از اعضای روحانی و غیر روحانی به نسبت مساوی و نزدیک به هم باشد. "این شورا در آذر ماه 1357 شکل گرفت و با توجه به شرایط خاص کشور درزمان پیش از پیروزی انقلاب ،این شورا در هدایت و برنامه ریزی امورانقلاب و دادن مشورت های لازم به رهبر معظم انقلاب (امام خمینی ره) نقش مهمی ایفا می نمود.
در سال 1357، پس از آزادی از زندان شهید باهنر و شهید بهشتی، به همراه برخی شخصیت های دیگر نسبت به تشکیل حزب جمهوری اسلامی اقدام نمودند و مرامنامه و اساسنامه آن را تهیه کردند و بدینوسیله تشکیلات حزب جمهوری اسلامی رسماً فعالیت خود را آغاز کرد. نقش ایشان در حزب بسیار تعیین کننده بود و در همه کارها با وی مشورت می شد. پس از شهادت شهید بهشتی در فاجعه خونین انفجار دفتر مرکزی حزب در هفتم تیر ماه سال 60، شهید باهنر به دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی انتخاب گردید و این مسئولیت را تا زمان پذیرش پست نخست وزیری به عهده داشت.
به دنبال برکناری بنی صدر از مقام ریاست جمهوری و انتخاب شهید رجایی به عنوان ریاست جمهوری، بنا به پیشنهاد شهید رجایی، شهید دکتر باهنر در سال 1360 به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی گردید. و مجلس نیز به نخست وزیر و وزرای وی رای اعتماد داد.
شهید بزرگوار دکتر باهنر در کنار تحصیل علوم و همت و تلاش خستگی ناپذیر در پیشرفت تحصیلی در زمینه کسب کمالات اخلاقی و اتصاف به اخلاق حسنه اسلامی، مجاهدات و مراقبت هایی را مبذول می داشت. در این زمینه گفتار مقام معظم رهبری بسیار گویاست: "... ایشان خصوصیات اخلاقی داشت که نظیر آن را ما خیلی کم داریم؛ مرحوم شهید مطهری و بیش از ایشان شهید بهشتی بسیار شیفته خصوصیات اخلاقی دکتر باهنر بودند مهمترین خصوصیات ایشان این بود که کار زیاد و مفید و جمع و جور را بدون هیچگونه تظاهر و هیجان ظاهری انجام می داد.مردی عمیق، صبور و بردبار، کم حرف، متین، پرکار، جدی، صمیمی، صدیق و با صفا بود. ایشان در نوشتن خوش ذوق، ادیب و دارای نوشته ای آهنگین و زیبا بود. و به هر حال یک انسان کم نظیر و برجسته بود."
در مورد خصوصیات اخلاقی شهید باهنر، حجةالاسلام مهدوی کرمانی که مدت های مدید با ایشان در مدرسه حجتیه هم حجره و هم بحث بوده اند نکات جالبی بیان می دارند: " بطور کلی برخورد شهید با کسانی که نزد ایشان می آمدند بسیار صمیمی و دوستانه بود و حتی می توانم بگویم که ایشان از برادر نیز نزدیکتر بودند و بسیار هم خودمانی صحبت می کردند. وی تا آنجا که می توانست نمازش را اول وقت و با جماعت اقامه می کرد و معمولاً اول غروب در صحن مدرسه فیضیه به نماز جماعتی که به امامت آیة الله اراکی تشکیل می شد حضور می یافت و ظهرها هم در نماز جماعتی که به امام مرحوم آیة الله زنجانی برگزار می شد شرکت می کرد و مدتی که ما با هم بودیم چون با هم یک درس مشترک داشتیم و از طرفی آن درس بعد از اذان صبح تدریس می شد در مسجد حاضر شده باشیم و بدین ترتیب ایشان نماز صبح را نیز به امامت آیة العظمی مرعشی نجفی و یا آیة الله العظمی گلپایگانی اقامه می کرد و اعتقاد زیادی به نماز شب و زیارت جامعه کبیره و سایر ادعیه داشت که در مواقع تنهایی به آنها مشغول بود هم چنین مواقعی که به اتفاق دوستان به مسجد جمکران می رفتیم بیشتر اوقات پیاده بودیم و ایشان طبق دستورانی که در آداب مسجد جمکران نوشته شده، کاملاً عمل به آنها را رعایت می کرد.
اصولاً از نماز شب و نمازهای مستحبی غفلت نمی کرد و حتی بعضی از دوستان ایشان، وی را برای اینکه چون زیاد به این گونه عبادات اهتمام می ورزید، به وی گوشزد می کردند که مبادا از درسش که مقصود اصلی است غافل شود، ولی ایشان با توجه به اینکه نماز و دعا را وسیله صفای قلب و موجب برقراری رابطه انسان با خدای خود می دانست معتقد بود به این صورت بهتر می تواند به درسش بپردازد و لذا از انجام این اعمال غفلت نمی کرد. ایشان بسیار بی آلایش بود.
