آیت‌الله سیدمحمد صدر در کسوت مرجعیت، علاوه بر خدمات علمی و فتوایی، اقدامات امیدبخش اجتماعی را در عراق استبداد زده آغاز کرد که بارزترین آن زنده کردن «نمازجمعه» بود. او شبکه‌ای از ائمه جمعه را منصوب و با تشکیل شبکه وکلاء خود در سراسر مناطق شیعه نشین عراق، احیاء مجدد شیعه در عراق را تسریع بخشید. او عزاداری برای اباعبدالله الحسین (علیه السلام) و دیگر امامان معصوم (علیهم السلام) را پس از آنکه مدتها از سوی حکومت بعث صدامی ممنوع بود، اقامه و خود در سالروز شهادت امیرالمؤمنین (علیه‌السلام) در منبر مسجد کوفه قصیده خوانی کرد و چنان شوری به پا کرد که آن عزاداری پس از بیست سال ممنوعیت در خاطره‌ها ماندگار شد. از دیگر آثار ماندگار اجتماعی و سیاسی او «واجب کردن پیاده روی از نقاط مختلف عراق به سوی کربلا در نیمه شعبان» بود که منجر به حرکت عظیم مردمی و وحشت حکومت مستبد عراق گردید. موج بوجود آمده از سوی آیت‌الله سید محمد صدر و آثار تربیتی- اجتماعی اقدامات او خوف و هراس در دل حکام خون ریز صدامی ایجاد کرد.

تشکیل دادگاه اسلامی و پیگیری برای حکومت اسلامی

از دیگر اقدامات او ایجاد دادگاه اسلامی در برابر دادگاه دولتی بود که به جای قانون مصوب دولت بر پایه حکم شرع بود. همجنین چاپ و نشر مجله الهدی که به موضوعات سیاسی، اجتماعی و حوزوی می‌پرداخت از دیگر اقدامات او بود. هدف او پیگیری حرکتی بود که توسط سید محمدباقر صدر به‌منظور تشکیل حکومت اسلامی آغاز شده بود. او اعتقاد داشت «اسلام همه را به تأسیس حکومت اسلامی در همه جوامع مسلمان دستور می‌دهد.»

 واکنش به دستور دعا برای صدام در قنوت نماز

علی‌رغم اینکه حکومت عراق دعا برای سلامتی صدام در قنوت نماز جمعه را الزامی دانسته بود، محمد صدر هرگز برای سلامتی صدام دعا نکرد و حتی در فتوایی گفت «دعا برای هیچ بشری غیر از معصوم در نماز جایز نیست». همینطور اگر هنگامه حضور مردم برای نماز شعاری به نفع صدام داده می‌شد، وی آن را با شعارهایی در حمایت از اسلام و حوزه جایگزین می‌کرد. همچنین وی در خطبه‌های نماز جمعه علیه کشورهای آمریکا، انگلستان و اسرائیل افشاگری می‌کرد.

در توطئه‌ای جنایت بار در شامگاه روز جمعه سوم ذی القعده 1419 ق برابر با 30 بهمن 1377 او را به همراه دو تن از فرزندانش در حالی که از مسجد به سوی خانه خود می‌رفت، مظلومانه ترور و به شهادت رساندند. این در حالی بود که او از سال 1401 تا 1409 ق در حصر خانگی و تحت تدابیر شدید امنیتی به سر می‌برد.  روزنامه کیهان به نقل از روزنامه? القبس کویت در خصوص عاملان این جنایت نوشته‌است: «این ترور توسط یک تیم وابسته به قصی فرزند کوچک صدام صورت گرفت و آنان پس از گلوله‌باران خودروی حامل شهید محمد صدر و فرزندانش، پیکر آنان را به محل نامعلومی انتقال دادند.»